A pesar de que las reformas borbónicas fueron intensificadas, estas mismas no siempre beneficiaron a los indígenas yucatecos, fueron observadas siertas problematicas durante la visita de Fray Antonio Alcalde, decía que en Tabasco había observado varios incestos entre padres e hijas, en Yucatán se tomó la medida de al indio o india que enfermaba era llevado a la casa real para que tuviera asistencia médica y espiritual, la evangelización tuvo bastante auge, también hubo desarrollo demográfico y agrícola, se ocuparon bastantes porciones de terreno para estos trabajos, también el ganado y los ranchos de cultivos comerciales, este desarrollo no afecto por completo los cargos tradicionales existentes en las comunidades mayas, aunque se dio el abandono de pueblos ocasionado por los trazos de coyuntura y se adquirieron tintes dramáticos en tiempos del gobernador Antonio de Figueroa y Silva, inclusive se realizó un informe de consulta de Consejo de Indias al Rey, en este se se trataba la existencia de pueblos en los que solo quedaba el Cacique y unos cuantos servidores, despues se manifestaron en una representación que los ministros del juzgado de indios hicieron al Rey los motivos del abandono de los pueblos por parte de los indígenas, en resumen se pueden mencionar el poco amor al trabajo, así como quitarse las presiones de las que eran objeto por parte de las autoridades de los pueblos. También podemos mencionar diversas normas legales con el objetivo de procurar y asegurar el trabajo de los indios, hay una situada en 1800 en contra de la vagancia y otra de 1808 acerca de la obligatoriedad del cultivo de maíz, y también la instrucción sobre el trabajo de los indios del 31 de enero de 1807.
La encomienda evolucionó como una clase de tributo que el rey cedía a sus súbditos, es lógico que una institución como esta no podría sobrevivir, el primer decreto de extinción de las encomiendas se promulgó el 23 de noviembre de 1718, aunque 2 años después se exceptuaron las provenientes de un trabajo personal de indígenas. Finalmente el 27 de septiembre de 1721 se reitero la incorporación general de las encomiendas a la corona, aunque volviendo a Yucatán, está quedó eximida de estás normas de carácter general, volviéndole a su gobernador la facultad de encomendar, inclusive se puede mencionar que el número de indígenas situados en encomiendas particulares superaba notablemente a quienes estaban en una Real Hacienda, en abril de 1786 se publicó en Yucatán la Real Cédula de 16 de diciembre de 1785, la cual hacía desaparecer a las encomiendas aunque para ese momento ya no quedaban muchos encomenderos en Yucatán, estos mismos encomenderos consiguieron la expedición de una Real Cédula fechada el 20 de agosto de 1794, esta satisfacía sus demandas aunque no estimaba la cantidad del pago correspondiente a los antiguos titulares de las encomiendas, a pesar de todo la figura del encomendero fue vista con recelo por parte de los indígenas aun en tiempos del primer régimen constitucional español , inclusive Bartolomé del Granado Baeza cura de Yaxcabá decía que muchos indígenas manifiestan inclinación y afecto a los europeos y americanos de quienes no han recibido agravio alguno, pero aquellos que si han abusado los miran con aversión y desafecto, ya que a estos era a quienes los indios les pagaban el tributo. Se menciona también que en tiempos del primer intendente de Yucatán Lucas de Galvez y Montes de Oca, el cargo de protector de los indios fuera dado a Luis Tello, que por su carácter de encomendero no podía estar en contra, aunque se logró la exención de la servidumbre y de los trabajos forzosos por parte del obispo Juan Gómez de Parada, posteriormente y en consecuencia de que las tareas agrícolas estaban abandonadas hubo una crisis de hambruna en 1725 y 1726 y por medio de los ayuntamientos de Mérida, Valladolid y Campeche se consiguió que los indígenas retomaran el trabajo del campo aunque con algunas restricciones, a mediados sel siglo XVIII los beneficios que el gobernador de Yucatán obtenía eran tantos que le permitía duplicar su sueldo. Piña y Mazo titular de la diócesis entre 1780 y 1795 denunció ante el rey los abusos que sufrían los indios a consecuencia de los repartimientos de patíes y cera.
Abolido el sistema de las encomiendas, el 4 de diciembre de 1786 se discutió acerca de la situación de los tributos indígenas, el cual se obligo a todos los indios, negros y mulatos de entre dieciocho y cincuenta años, sin importar su estado civil, el destino de este tributo era en su mayoría para la corona y para los funcionarios. Este tributo fue suspendido por Real decrete el 26 de mayo de 1810 a causa de las intenciones anexionistas de Napoleón, aunque este mismo tributo se mantuvo para las castas, diversos problemas se suscitaron a raíz del movimiento independista de Miguel Hidalgo en 1810, lo que provocó que el gobierno español diera retorno a las prescripciones que se tenían en 1808. En Yucatán muchos problemas en la administración pública originaron que el entonces gobernador Manuel Artazo y Torredemer, obligara a los indios a pagar como contribución de carácter provisional la cantidad que se aportaba antes de la suspensión del tributo en mayo de 1810. Ya en 1820 y retomada en vigor la constitución de Cádiz se siguió cobrando la contribución en Yucatán, y esta misma fue incrementada cosa que fue denunciada ante el rey por Juan de Dios Gutiérrez protector de los indios, posteriormente el cargo de defensor de los indios fue suprimido, a lo que Juan de Dios reclamó que existiese un cargo que realizara las funciones del protector, propuesta que fue denegada en 1820, lo que demuestra el ambiente hostil que se tenía en contra de los indígenas.
Hacia la tercera década del siglo XIX en Yucatán se pudo observar la tradición social basada en las diferencias étnicas, también se menciona en un Memoria de la diputación de Yucatán, la gran ignorancia por parte del sector indígena en materias religiosas y morales esto provocado por una pobre asistencia pastoral a los mayas, a lo que se había dispuesto a cada parroquia un territorio determinado en el cual todos los fieles debían recibir la misma atención espiritual, aunque en contraste a lo anterior mencionado en Yucatán las parroquias se habían predispuesto las parroquias para cada clase de feligreses, a lo que menciona en la lectura que pudiendo vivir en la misma casa las tres clases de indio, estos serían atendidos por diferentes curas a causa de su color de piel.
En 1766 se instalo en México una Contaduría General de Propios, Árbitros y Bienes de comunidad, mismos que fueron instaurados en Yucatán en 1797, y podemos mencionar que en Yucatán se concedían ciertas prestaciones como el pago de salarios de maestro de escuela como algo obligatorio para todas las cajas comunales. Cabe mencionar también que la fiscalización de los bienes de los pueblos se dio para proteger a estos mismos en futuras contingencias, aunque en muchos casos como el Halacho, demostraron que los pueblos no podían servirse del dinero ganado. Entre 1793 y 1809 la comunidad de Yucatán dio en calidad de préstamos y donativos la cantidad 445, 165 pesos.
En relación a las cofradías se menciona que a raíz de la visita pastoral de Fray Antonio Alcalde, se vigiló mas el funcionamiento ya que estas constituían el capital eclesiástico, posteriormente se pidieron informes a los obispos novohispanos acerca de sus respectivas cofradías, aunque en 1781 Piña y Mazo decide subastar las estancias de la cofradía alegando las sequías y la irracionalidad de los mayas en cuestiones económicas, esto constituyó un devastador golpe para las comunidades mayas, posteriormente se dieron mas asaltos a las cofradías como en 1821 y cuando se alcanzó la independencia el congreso Yucateco prohibió la venta de las cofradías.
La propiedad territorial como se menciona en la lectura fue evolucionando en el periodo colonial aunque considerando las particularidades de la península de Yucatán entre las cuales se encuentran la reducción de los indígenas a congregaciones, los realengos por la amplitud de la provincia y su escaza densidad de población, podemos mencionar a Bernardino de Vigil y Solís enviado en 1710 para acreditar las propiedades territoriales, esto alarmó a quienes poseían tierras pertenecientes a la república y a los indígenas, aunque nunca falto la corrupción, esto ocasionó muchos conflictos, ya que los caciques defendían sus tierras por que se les veía despojados injustamente de ellas.
Era cuestión de tiempo para que los mayas yucatecos estallaran, y ya no quisieran mas cumplir con sus obligaciones a causa de los inumerables abusos, como lo menciona el gobernador de Yucatán Adrián Aldave, también se puede mencionar la rebelión comandada por Jacinto Canek, en tiempos del gobernador José Crespo y Honorato, esta revuelta comenzó el 20 de noviembre de 1761 y el 14 de diciembre del mismo año Jacinto Canek fue descuartizado, esto quedaría como un suceso inolvidable para los mayas quienes habían presenciado hasta la coronación de Jacinto Canek, y posteriormente verían como iba a ser reprimida su rebelión, Se menciona que Canek estuvo en el convento franciscano de Yucatán en el cual leyó López Cogolludo y así se alentó para luchar por la libertad de su pueblo, muchos mencionan que esta rebelión fue mal dirgida por Canek, aunque sabemos que cien años después de la muerte de este se suscito en Yucatán un movimiento indígena de amplio calado que tomó a las fuerzas mexicanas mas de medio siglo aplastar, La llamada “Guerra de Castas”.
